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    5hmC或(huò)成为2型糖(táng)尿(niào)病血(xuè)管并发症临床监控的重要标志物

    source:TIME:2019-10-01 08:00:00分(fèn)享到(dào):

    2019年10月(yuè)1日,5-羟甲(jiǎ)基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病(bìng)研究领域取(qǔ)得重要进(jìn)展。2型糖(táng)尿(niào)病(T2D)的血管并发症是导致2型糖尿病致残(cán)致(zhì)死的(de)重要病(bìng)因,一(yī)直缺乏(fá)一(yī)种(zhǒng)无(wú)创便捷的临(lín)床途径实现血(xuè)管并发症的发生发(fā)展监(jiān)测,达到早发现、早干(gàn)预,以提(tí)高T2D病人的(de)整体生活质量,减少卫生经济负担。


    该研(yán)究入组了62例2型(xíng)糖尿病病人,采用(yòng)5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表观遗传(chuán)标志物5hmC的分布情况进行检(jiǎn)测(cè),分析5hmC标志物与2型糖尿病血(xuè)管并发症发生发展的相关性。结果表明5hmC标志物的变化与T2D合并大血(xuè)管/微血管事(shì)件(jiàn)具有相(xiàng)关性,主要涉(shè)及一些与血管生物学和糖(táng)尿病(包括胰岛(dǎo)素耐受(shòu)和炎症(zhèng)反应(yīng))相关的基因和信号(hào)通路。该(gāi)研(yán)究建立(lì)的16个基(jī)因-5hmC标志物组合检测可以准确区分有并发症和(hé)无并发(fā)症的2型糖(táng)尿病(bìng)病人(rén)[实(shí)验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明(míng)显优(yōu)于传统临(lín)床变(biàn)量例(lì)如白蛋白(bái)尿。除此之外,还建立了13个基(jī)因-5hmC标志物组合(hé)检测,可以进一步区分T2D合并单一并发症和多(duō)种并发(fā)症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显(xiǎn)优于其他传(chuán)统临床变量。该研究得(dé)出结论(lùn),5hmC标(biāo)志物反映了T2D病(bìng)人大(dà)血管/微血管并发症发生过程(chéng)中(zhōng)的表观遗传变(biàn)化,因而5hmC-Seal检(jiǎn)测技术在监测糖尿(niào)病血管并发症发生和进展方面具有良好的临床(chuáng)应用(yòng)前景。


    试验设计



    本研究共纳入62例2型糖尿病病人,包括没有血(xuè)管并(bìng)发症的病人(rén)12例,有单一血管(guǎn)并发(fā)症的(de)病人34例(lì)(24例发(fā)生大血管(guǎn)事件,10例发生微血(xuè)管事件),以及(jí)有(yǒu)多种血管并发(fā)症的(de)病人16例。试验收集62例病人血浆,提取(qǔ)cfDNA,利用(yòng)5hmC-Seal技术捕获外周(zhōu)血cfDNA中的5hmC序列,进(jìn)行二(èr)代(dài)测(cè)序,通过生物(wù)信息(xī)学(xué)分析找出并发症组与无并发症组之间有显著5hmC修饰(shì)差异(yì)的基(jī)因,单一并发(fā)症组和多(duō)种并发症组(zǔ)之间有显(xiǎn)著(zhe)5hmC修(xiū)饰差异的(de)基因。随(suí)后利用(yòng)回归模型对差(chà)异基因进一步筛选、优化,弹(dàn)性网络进一(yī)步筛选(xuǎn),计算加权平均(jun1)分,最后得到一组(zǔ)具有高度灵敏度和特(tè)异性的5hmC生物标记物,并进一步在实(shí)验(yàn)组中(zhōng)验证,分(fèn)析(xī)其灵敏度和特异性。并将新建立的5hmC标志物基因组合的检测(cè)性能(néng)与传(chuán)统临(lín)床变量(liàng)进行(háng)对比(bǐ)分析(xī)。最后(hòu)对(duì)相(xiàng)关基因进行了信(xìn)号通路分析和功能探究。



    研(yán)究结果


    5hmC修饰水平(píng)与血管并发症具有相关性


    利用逻辑回(huí)归模型对(duì)62例有(yǒu)并发症和无(wú)并发症2型糖尿病病人的(de)5hmC差异水平进行分析发现,有并发症2型糖尿(niào)病病人的622个差异(yì)修饰候选(xuǎn)基因(包括上调和(hé)下调基因)的归一化平均数要明显高(gāo)于无并发症(zhèng)的病人(rén)(P<0.001),但(dàn)是单一并发症和多(duō)发并发症病人(rén)之间(jiān)没有显著差异。

    之后将有单一并发症或多种并发(fā)症的50例病(bìng)人用逻辑回(huí)归(guī)模型进(jìn)行了对比,发现多种并发症的病(bìng)人的153个差异修饰候选基(jī)因(包括上调和下调基因(yīn))的(de)归一化(huà)平均(jun1)数要低于无并发症病人(P<0.001)。


    5hmC标(biāo)志物可区分(fèn)有无并发症患者


    62例2型糖尿病病人被随机分(fèn)成(chéng)训练组(n=31)和测试组(zǔ)(n=31)。利用弹性网络筛选后发(fā)现(xiàn),16基因-5hmC标志物组合检测(cè)可(kě)以用于(yú)区分有并发症和无并发症的2型糖尿病(bìng)病人。


    基于16基(jī)因(yīn)组(zǔ)合模型 (Detection Model 1) 的加(jiā)权平均分分(fèn)析,发现无(wú)并发症病(bìng)人(rén)的分(fèn)数在训练集(jí)和测试集中(zhōng)都明(míng)显低于有并(bìng)发症的(de)病人(rén)。只考虑加权平均(jun1)分的话,受试者工作特征曲(qǔ)线(ROC)分(fèn)析(xī)表明将cutoff值设置成0.5时,在(zài)测(cè)试组中中的灵敏度为60%,特异(yì)性(xìng)为100%。



    5hmC标(biāo)志物可区(qū)分病(bìng)人是单一并发症还是多种并发症


    50例有并发症(zhèng)的2型糖尿病病人(rén)被随机(jī)分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹性(xìng)网络筛选(xuǎn)后发现,13基因-5hmC标志物组合可以区分2型糖尿病病人(rén)是(shì)否发生单一(yī)并(bìng)发症(zhèng)或多种并发症。


    基于13基因组合模(mó)型 (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症和多(duō)种并(bìng)发症的加权平均(jun1)分,发现在(zài)训练集(jí)和测试集中单一(yī)并发症和多种并发症病人的(de)分数都有明显(xiǎn)差异。值得一提(tí)的是,有肾(shèn)病并发症和无(wú)肾病并发(fā)症(zhèng)病人的分(fèn)数也有明显差(chà)异。利用加权平均分(fèn)作为判断标准(zhǔn)的受试者工作特(tè)征曲线(ROC)表明,在测试组(zǔ)中当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性(xìng)为68.8%。



    5hmC标志物与传统(tǒng)临床变量/危(wēi)险因子(zǐ)的对比


    我们评估了不同临(lín)床变量/危险因子用于监测血管并发症的灵(líng)敏度和(hé)特异(yì)性(xìng)(见表1)。

    总体来说,结果表明(míng)一(yī)些(xiē)临床(chuáng)变量(如尿液白蛋白、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂(zhī)蛋白a)虽然具有(yǒu)一定的灵敏度(dù)和特异性(xìng),但是整体准确度(dù)仍然差强人意,因此临床需要更加(jiā)准确的方(fāng)法。另外,我们还在训练组中建立5hmC和不同临(lín)床(chuáng)变量的多变量组合模型(xíng)进行评估,该模型加权平均分(fèn)的AUC要明显大于传统临床变量的AUC。若将这(zhè)些临床变量与(yǔ)加权(quán)平(píng)均分进行结合(hé),AUC也将进(jìn)一步提(tí)高。因此,该多变量模型表(biǎo)明加权平(píng)均分可(kě)作为(wéi)一个独立的指标用于监测2型糖尿病(bìng)血管并发症。

    信号通路(lù)分析和功(gōng)能探究


    有并(bìng)发症和无并发(fā)症病人的135个差(chà)异(yì)候选基因的功能注释分析表明,这些基因主要富集在(zài)一些经典(diǎn)的信号通(tōng)路(lù)。错误发现(xiàn)率相关P值位于前10%和基因(yīn)数目(mù)≥3的信(xìn)号通路包括由IGF1R, IL-10和(hé)FGFR2所介导的信号通路。由IGF1R和(hé)IL-10介导的(de)信号通(tōng)路与胰岛素抵抗及(jí)炎症反(fǎn)应(yīng)相关,在(zài)血管生物学和糖(táng)尿病发生发展(zhǎn)过程中(zhōng)发挥重要(yào)作用(yòng)。

    Reactome相(xiàng)互作(zuò)用网络的(de)中心表明,泛(fàn)素(sù)编(biān)码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚基(jī)核糖(táng)体蛋白融合产物1(UBA52)]是候选基因(yīn)(如(rú)SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的(de)重(chóng)要连接者。在这135个差(chà)异候选基因中, 一(yī)些基(jī)因 (如TNFRSF25P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表现出(chū)与(yǔ)糖尿病病程相关的倾向,表明5hmC和糖尿病血管并发(fā)症之间可能(néng)存(cún)在时间依赖(lài)性的相互作用。基(jī)于纵向(xiàng)时间队列的大样本研究,将(jiāng)可进一步明确5hmC变(biàn)化和糖尿病持(chí)续时间(jiān)之间的动态关(guān)联。关于单一并发症和多种并发症病人的159个候(hòu)选标志基因的功(gōng)能注释研(yán)究发现,存在(zài)细胞(bāo)-细胞(bāo)连(lián)接、胶原蛋白形成、新(xīn)陈代(dài)谢(xiè)、细胞应激应答信号通路的富集,这些(xiē)信号(hào)通路均与细胞基本(běn)功能密切相关。


    研(yán)究意义



    血管并(bìng)发症是三分之二(èr)糖尿病病(bìng)人(rén)的死亡(wáng)原(yuán)因,若能及早有效(xiào)控制血管(guǎn)并发症的发生,将极大地(dì)改善糖尿(niào)病病人的生(shēng)存(cún)质量。该研究建立了一(yī)种利用(yòng)cfDNA进行2型糖(táng)尿病血管并发(fā)症监测的无(wú)创便捷方法(fǎ),较目前临床标志物能更(gèng)准确地监控血管并(bìng)发症的发(fā)生,从而提示(shì)临床(chuáng)及早采取应对(duì)措施,有效控制病情进展。



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